アプリケーションは、「ボトルの管理」の「アプリケーション」タブの「修復と削除...」でアンインストールすることができます。「インストール済みアプリケーション」一覧から対象のアプリケーションを選択して、「修復と削除...」をクリックします。

アンインストールしたいアプリケーションが「インストール済みアプリケーション」一覧に表示されていなかったり、「修復と削除...」がグレーアウトしている場合は、そのアプリケーションにアンインストール機能がないか、正常にインストールが行えなかった可能性があります。