CrossOver permette di gestire più bottiglie. Una bottiglia è un ambiente Windows virtuale con i propri isolati drive C:, font, registri e programmi.

Le bottiglie tornano particolarmente utili quando installate dei programmi non supportati o state provando il comportamento di una nuova applicazione. Si possono anche usare per eseguire contemporaneamente versioni diverse dello stesso programma (per esempio Internet Explorer).

Molti utenti si accontenteranno di usare solo una bottiglia, quella di default. Altre bottiglie sono utili quando c'è qualche rischio di interazioni avverse tra due applicazioni o quando una applicazione necessita di alcune impostazioni specifiche del sistema per poter funzionare correttamente. L'interfaccia di CrossOver permette di gestire e configurare semplicemente e velocemente più bottiglie.